Od 1454 r. kościół św. Anny i przyległy do niego klasztor należał do Zakonu Franciszkanów Obserwantów, zwanych w Polsce bernardynami. Życie zakonne prowadzili oni do 1864 r., kiedy to władze carskie zlikwidowały zakon. Wówczas kościół przeszedł we władanie archidiecezji warszawskiej. W 1928 r. świątynia została oddana duszpasterstwu akademickiemu i służy mu do dzisiaj.
Patrząc na kościół św. Anny z góry, łatwo się domyślić, że była to kiedyś świątynia zakonna. Po prawej stronie przylega bowiem do niej czworobok klasztoru, który dziś w mniejszej części zajmuje rektorat kościoła, a w większej - instytucje świeckie. Pośrodku czworoboku jest niewielki dziedziniec, czyli wirydarz, otoczony z dwóch stron przez krużganek. Tutaj właśnie najlepiej rozpocząć wędrówkę po sekretnych miejscach kościoła św. Anny.
Drzwi umieszczone w południowo-wschodnim narożniku dziedzińca prowadzą na parter obecnego budynku rektoratu, a pierwotnie - wschodniego skrzydła klasztoru bernardynów. Warto zwrócić uwagę na kryształowe sklepienie korytarza, który kiedyś był klasztornym krużgankiem. Sklepienia pochodzą z okresu rozbudowy kościoła i klasztoru po pożarze w 1515 r. Sklepienie kryształowe to typ późnogotyckiego sklepienia bezżebrowego stosowanego często od lat 70. XV w. w Saksonii, potem w Czechach i od około 1500 r. w Polsce. System sklepień warszawskiego klasztoru wykazuje najwięcej analogii ze sklepieniami kościoła Bernardynów w Wilnie.
Idąc krużgankiem w stronę kościoła, po prawej stronie napotykamy barokowe drzwi do zakrystii. Medalion umieszczony w portalu nad wejściem przedstawia św. Paschalisa. Dzieło wykonano w połowie XVIII w. Na drzwiach zaś uwagę zwraca malowidło przedstawiające Chrystusa z krzyżem, Matkę Bożą, anioła i św. Franciszka.
Zakrystia kościoła urzeka swym pięknem i wyjątkowo oryginalnym wyposażeniem: jest to głównie boazeria i meble wykonane przez bernardynów. Nigdzie w Warszawie nie znajdziemy tego typu wyposażenia. Meble wykonane są techniką intarsji (wykładanie powierzchni drewnianej innymi gatunkami drewna) i wyróżniają się bogactwem dekoracji z ornamentyką i wplecionymi napisami sentencjonalnymi. W szafach przechowywane są siedemnasto- i osiemnastowieczne ornaty, kapy i dalmatyki.
Niewielkie drzwi z lewej strony zakrystii kryją tajemnicze przejście do chóru zakonnego. Trzeba mocno schylić głowę, pokonać kilka schodków i już znajdujemy się w najstarszej części świątyni, gotyckim prezbiterium - miejscu, które kiedyś służyło zakonnikom do codziennej modlitwy brewiarzowej. Odmawiali ją ukryci przed wzrokiem wiernych za wielkim, barokowym, przestrzennym ołtarzem. Część prezbiterium przed ołtarzem dziś służy do sprawowania normalnej liturgii, natomiast gotycki chór zakonny wykorzystywany jest sporadycznie przez grupy duszpasterskie. Uwagę zwracają w nim przyścienne stalle z namalowanymi wizerunkami bernardynów oraz umieszczony na tylnej ścianie siedemnastowieczny obraz św. Anny. Widać go doskonale z kościoła w ołtarzowym, arkadowym prześwicie. Obraz umieszczony w barokowej, złoconej ramie podtrzymują dwie postacie uskrzydlonych aniołów.
Na lewo od ołtarza głównego warto obejrzeć kaplicę bł. Władysława z Gielniowa. Wchodzimy do niej przez bogaty portal. Nad nim wznosi się personifikacja Sławy z trąbą, z której wychodzi napis: "Bł. Władysławowi, Twemu Patronowi". Polichromia i wyposażenie kaplicy pochodzi z połowy XVIII w., a ich powstanie łączy się z beatyfikacją Władysława w 1750 r. Tutaj spoczywa część relikwii Błogosławionego.
Głównym elementem kaplicy jest ołtarz, w którym szczególnie interesująca jest dekoracja rzeźbiarska. 7 figur zdobiących ołtarz to personifikacje cnót. Na szczycie ołtarza umieszczono cnoty teologiczne, od lewej: Wiarę z krzyżem, Miłość z sercem gorejącym i Nadzieję z kotwicą. Niżej przedstawiono cnoty charakteryzujące zapewne bł. Władysława, od lewej: Elokwencję z diademem na głowie i z gestem ręki wyliczającej argumenty; Roztropność przedstawioną jako kobietę o 2 twarzach, starej i młodej, trzymającą w ręku zwierciadło; Milczenie z palcem na ustach - ważną zakonną cnotę i Stałość z kolumną na ramieniu.
Opisane w tekście krużganki i kaplicę bł. Władysława można oglądać w godzinach otwarcia kościoła. Zakrystia dostępna jest jedynie podczas nabożeństw. Natomiast dawny chór zakonny za ołtarzem jest zwykle zamknięty. Otwiera się go bardzo rzadko. Jednak jak ktoś bardzo poprosi, to być może niezwykle sympatyczna siostra zakrystianka wpuści tam na chwilę zainteresowanych. Warto próbować.