24 sierpnia 1940 r. aresztowano i wywieziono do obozu koncentracyjnego w Dachau ówczesnego proboszcza parafii św. Doroty, ks. Jana Przydacza. W kościele i na plebanii zorganizowano obóz szkoleniowy dla nazistowskiej młodzieży. Zniszczono i spalono ołtarze oraz wszystkie sprzęty kościelne. Rozgrabiono szaty liturgiczne. Zerwano hełm z wieży, zdewastowano ogrodzenia. Rozbijano figury Matki Bożej, strzelano do krzyży. Do dziś zachował się łaskami słynący wizerunek Chrystusa Ukrzyżowanego. Strzelała do niego polityczna wychowawczyni młodych - Berta Bauer, która w kilka godzin po świętokradztwie sama zginęła od kul. Odnaleziono figurę Matki Bożej, której twarz pokaleczył siekierą lokalny volksdeutsch. Ten sam kazał również połamać krzyż z wieży kościelnej i wrzucić go do gnojowiska. W licheńskim obozie szkoleniowym blisko 200 nastolatków zaprawiano do okrucieństwa i zbrodni. W ramach ćwiczeń młodzi naziści urządzali pogromy polskiej ludności w okolicznych wsiach. Torturowano i mordowano mieszkańców, ponad połowę parafian wypędzono na tułaczkę. Jesienią 1940 r. żandarmi z Gosławic przyjechali po Cudowny Obraz, jednak pomimo czynionych wysiłków nie zdołali otworzyć wnęki ze świętym wizerunkiem. Pod groźbą użycia broni zmusili ówczesnego organistę - Bolesława Lisowskiego - do jej otworzenia, lecz także i on nie był w stanie tego zrobić. W tym samym czasie w wiosce zaczęły rozlegać się krzyki. Żandarmi wybiegli z kościoła sprawdzić, co się dzieje, a wtedy organista bez żadnego trudu podciągnął zasłonę, zabrał Cudowny Obraz i ukrył go pod bocznym ołtarzem, a w jego miejsce zawiesił inny. Zasłona opadła z powrotem. Szybko okazało się, że w wiosce zupełnie nic się nie działo, a żandarmi wróciwszy do świątyni bez trudu otworzyli wnękę. Jednak nie znaleźli tam tego, czego szukali.
Kościół zamknięto, klucze zatrzymano na posterunku w Gosławicach. Kilka dni później trzej parafianie - wspomniany już organista, Stanisław Górczewski - kościelny oraz jeszcze jeden mężczyzna, weszli nocą do kościoła przez okno, zabrali wizerunek Maryi i ukryli. Okupanci wszczęli śledztwo w sprawie „zaginionego” obrazu Madonny. Dochodzenie nie przyniosło żadnych efektów. Maryja Licheńska przetrwała wojnę we dworze w pobliskim Malińcu, u rządcy majątku o nazwisku Kietliński.
W styczniu 1945 r. Niemcy zebrali okolicznych mężczyzn i nakazali im wykopać niedaleko świątyni ogromny dół. Padł rozkaz wymordowania całej parafii. Błyskawiczna akcja wojsk wyzwoleńczych ocaliła lokalną ludność od zagłady.
W 30. rocznicę ocalenia wystawiono tu wysoki krzyż wdzięczności.