Papież Jan Paweł II był i jest bardzo często obierany na patrona szkół w całej Polsce. Kilkanaście z nich spotykamy także w naszej diecezji. Wiele z nich przystąpiło aktywnie do działań w ramach Rodziny Szkół Jana Pawła II. Różnie uzasadniany jest wybór Jana Pawła II na patrona szkół. Posłużmy się przykładem Szkoły Podstawowej nr 2 w Wąbrzeźnie: „Trudne środowisko, w jakim szkoła funkcjonuje, potrzebuje odpowiednich wzorców osobowych i ideałów wychowawczych. Tak więc jednogłośnie rodzice, nauczyciele i uczniowie stwierdzili, że najbardziej odpowiednim wzorcem osobowym jest Papież Jan Paweł II. Kolejnym kryterium wyboru była bogata spuścizna w postaci nauczania papieskiego, na której podstawie można również opracować bardzo konkretny program wychowawczy szkoły oraz wypracować poprawne relacje na linii nauczyciel - uczeń, nauczyciel - rodzic, rodzic - dziecko” (Wiesława Wróblewska - dyrektor Szkoły Podstawowej nr 2).
Patronat papieski to zobowiązanie i wyzwanie. Jak budować tożsamość szkoły z takim patronem? To pytanie pojawia się, kiedy planowany jest program wychowawczy, kiedy myśli się o dniu patrona. Papież to określone wartości, postawa, moralne kryteria, pasterz określonej wspólnoty, a przede wszystkim świadek zmartwychwstałego Chrystusa. Oznacza to, że Papież będzie należał do wymagających patronów.

Collegium Jana Pawła II

17 października 2005 r. w ramach obchodów Dnia Papieskiego przygotowanego w 27. rocznicę wyboru Jana Pawła II na Stolicę Piotrową gmach Wydziału Nauk Ekonomicznych i Zarządzania Uniwersytetu Mikołaja Kopernika w Toruniu otrzymał nazwę Collegium Jana Pawła II. Budynek znajduje się w uniwersyteckim kompleksie na Bielanach.
Licea: Grudziądz - III Liceum Ogólnokształcące (28 marca 2007 r.), Toruń - V Liceum Ogólnokształcące (26 kwietnia 2007 r.).
Gimnazja: Brąchnowo (4 listopada 2004 r.), Grębocin (30 grudnia 2003 r.), Kowalewo Pomorskie (14 października 2006 r.), Pluskowęsy (21 czerwca 2007 r.), Radzyń Chełmiński (14 września 2006 r.), Ruda (30 czerwca 2005 r.), Ryńsk (29 czerwca 2006 r.), Toruń - Gimnazjum nr 3 (6 kwietnia 2006 r.).
Szkoły podstawowe: Chełmża (17 października 2003 r.), Grębocin (30 grudnia 2003 r.), Mała Nieszawka (27 kwietnia 2006 r.), Modzerowo (28 czerwca 2006 r.), Ruda (30 czerwca 2005 r.), Toruń - Szkoła Podstawowa nr 13 (20 listopada 1997 r.), Wąbrzeźno - Szkoła Podstawowa nr 2 (12 lipca 2006 r.).
Zespoły szkół: Brodnica - Zespół Szkół nr 1; Karola Wojtyły - Jana Pawła II (21 września 2006 r.)

Centrum Dialogu Społecznego

7 czerwca 2000 r., czyli w pierwszą rocznicę wizyty Ojca Świętego w Toruniu, w gotyckiej kamienicy przy ul. Łaziennej 22 w Toruniu zostało otwarte Centrum Dialogu Społecznego im. Jana Pawła II. Budynek stał się siedzibą ruchów i stowarzyszeń katolickich działających w diecezji toruńskiej, a także miejscem licznych spotkań, wykładów otwartych, sympozjów i konferencji organizowanych przez różne środowiska. Jego nazwa przywołuje hasło wizyty papieskiej w Toruniu w 1999 r: „Dialog nowym imieniem miłości”. Jedną z form tego dialogu są relacje między rozumem i wiarą. Mówił o nich Papież właśnie w Toruniu, wypowiadając m.in. następujące słowa: „Potrzebna jest dzisiaj praca na rzecz pojednania wiary i rozumu. W encyklice «Fides et ratio» pisałem: Wiara, pozbawiona oparcia w rozumie, skupiła się bardziej na uczuciach i przeżyciach, co stwarza zagrożenie, że przestanie być propozycją uniwersalną. Złudne jest mniemanie, że wiara może silniej oddziaływać na słaby rozum; przeciwnie, jest wówczas narażona na poważne niebezpieczeństwo, może bowiem zostać sprowadzona do poziomu mitu lub przesądu. Analogicznie, gdy rozum nie ma do czynienia z dojrzałą wiarą, brakuje mu bodźca, który kazałby skupić uwagę na specyfice i głębi bytu (...). Odpowiedzią na odwagę wiary musi być odwaga rozumu”.

Inne patronaty

Przysiek: patron Centrum Wolontariatu Caritas Diecezji Toruńskiej. Toruń: patron Zespołu Opieki Paliatywnej Hospicjum Światło; patron Domu Pielgrzyma przy Sanktuarium Matki Bożej Nieustającej Pomocy. Ulice: Brodnica, Grudziądz, Kowalewo Pomorskie, Radzyń Chełmiński, Wąbrzeźno. Parki: Brodnica, Mokre. Place: Wąbrzeźno. Skwery: Łasin. Aleje: Toruń.